El tratamiento de un queratocono depende con frecuencia de la severidad de los síntomas de queratocono. Durante las primeras etapas de la enfermedad, la visión se puede corregir con anteojos. A medida que la enfermedad progresa, es posible que necesite usar lentes de contacto rígidos, para que la luz que entra en el ojo se refracte de manera uniforme y no haya distorsión en la visión. También debe abstenerse de frotarse los ojos, ya que esto puede agravar el tejido delgado de la córnea y los síntomas pueden empeorar.

El queratocono puede ser tratado con Intacs, unos pequeños dispositivos que se implantan en la córnea y ayudan a moldear la curva de ésta. Estos dispositivos tienen el sello de aprobación de la Administración de Drogas y Alimentos (FDA, por sus siglas en inglés), y pueden ayudar a aplanar la córnea protuberante típica de un queratocono.

Otra opción de tratamiento para el queratocono, no aprobada por la FDA, es el colágeno reticulado. El colágeno reticulado es un tratamiento nuevo que utiliza un láser especial y gotas para los ojos para promover la reticulación o «cross-linking», o fortalecer las fibras de colágeno que forman la córnea. Este tratamiento puede aplanar o endurecer la córnea, parando el desarrollo de la protuberancia.

Cuando una buena visión ya no es posible con otros tratamientos, un trasplante de córnea puede ser recomendado. Esta cirugía sólo es necesaria entre un 10 y un 20 por ciento de los pacientes con queratocono. Durante un trasplante de córnea, el Doctor de los Ojos elimina la córnea enferma del ojo y la reemplaza con la córnea sana de un donante.

Una córnea trasplantada se recupera lentamente. Puede tomar hasta un año o más para recuperar una buena visión después de tener un trasplante de córnea.

Si bien un trasplante de córnea alivia los síntomas del queratocono, no le puede proporcionar una visión perfecta. Sin embargo, entre todas las condiciones que requieren un trasplante de córnea, el queratocono tiene el mejor pronóstico para una visión clara.

Otro tipo de trasplante de córnea que está ganando popularidad para el tratamiento del queratocono, es la queratoplastia lamelar anterior profunda (DALK, por sus siglas en inglés). Durante este procedimiento, solamente la capa frontal y media son trasplantadas. En comparación con un trasplante total de córnea, el periodo de sanación es mucho más rápido y hay un menor riesgo de rechazo.